Сергий Баранов уехал в Прагу после того как ему выразил поддержку глава МИДа Чехии Карел Шварценберг. Диакона пригласили в чешское посольство, чтобы передать письмо министра. После этого давление на Баранова со стороны ФСБ и региональных властей усилилось.
В августе 2012 года, после вынесения приговора «Pussy Riot», Баранов опубликовал открытое письмо Патриарху Кириллу. «Я остаюсь верующим христианином, но находиться в одной церкви с лжецами, стяжателями и лицемерами считаю для себя совершенно невозможным из соображений этики. Я дорожу своей верой, но остаться после случившегося в РПЦ означало бы, что я одобряю их действия и, следовательно, соучаствую в них», — заявил клирик.
Диакон добавил, что процесс «Pussy Riot» стал тяжелым ударом для РПЦ. «Для тысяч людей стало окончательно ясно, что наша церковь отделена не от государства — наша церковь сама себя отделила от Бога и истинно верующих людей», — заметил он.
В ответ Тамбовская епархия РПЦ обвинила Баранова в пьянстве, разгульном поведении и «неблагоговейном отношении к облачению».
В конце августа «Новая газета» сообщала, что диакон получает угрозы от ФСБ и областной администрации. На глазах корреспондента домой к Баранову пришел вице-губернатор Тамбовской области Алексей Чеботарев. Он попросил диакона «отдохнуть», «не поднимать шумиху в регионе и не лезть в политику». При этом Чеботарев заметил, что к клирику придут сотрудники ФСБ. «Твое письмо могут использовать как политический призыв, — заметил чиновник. — Ты как бы идешь против власти. А это уже касается самого Путина. Имидж страны».
Также газета сообщала, что глава отдела общественных связей областного УФСБ обзванивал знакомых Баранова и сообщал о «серьезнейшем интересе ведомства» к диакону.